序号 项目名称 立项年度 首席  科学家 单 位 项目依托部门
1 "疾病基因组学"理论和技术体系的建立/人口与健康 1998 陈 竺强伯勤 瑞金医院、中国医科院基础医学所 基金委
2 重要疾病创新药物先导结构的发现和优化/人口与健康 1998 陈凯先 中科院上海药物所 中国科学院
3 集成微光机电系统研究/信息 1999 王跃林 中科院上海冶金所 中国科学院
4 脑功能和脑重大疾病的基础研究/人口与健康 1999 杨雄里 中科院上海生理所 中国科学院
5 组织工程的基本科学问题/人口与健康 1999 曹谊林 上海第二医科大学 基金委、上海市科委
6 通用高分子材料高性能化的基础研究/材料 1999 杨玉良乔金梁 复旦大学、北京化工研究院 中国石化集团、上海市科委
7 超强超短激光科学中若干重要前沿问题/综合与前沿 1999 徐至展 中科院上海光机所 中国科学院
8 放射性核束物理和核天体物理/综合与前沿 2000 沈文庆 中科院上海原子核研究所 中国科学院
9 创造新物质的分子工程学研究/综合与前沿 2000 裘式纶麻生明 吉林大学、中科院上海有机所 教育部、中国科学院
10 脑发育和可塑性的基础研究/综合与前沿 2000 郭爱克 中科院神经科学研究所 中国科学院
11 地球圈层相互作用中的深海过程和深海记录/综合与前沿 2000 汪品先 同济大学 教育部
12 复杂自然环境时空定量信息获取与融合处理的理论与应用/信息 2001 金亚秋 复旦大学 国家自然科学基金委员会 上海市科委
13 干细胞的基础研究与临床应用/人口与健康 2001 盛慧珍 中科院上海生命科学研究院 中国科学院、上海市科委 
14 抗原特异性免疫应答与免疫耐受的分子机制及其应用基础研究/人口与健康 2001 曹雪涛 第二军医大学 国家自然科学基金委员会
15 人类重大疾病的蛋白质组学研究/人口与健康 2001 贺福初杨芃原 军事医学科学院放射医学研究所、复旦大学 国家自然科学基金委员会
16 中国人口出生缺陷的遗传与环境可控性研究/人口与健康 2001 郑晓瑛贺 林 北京大学、上海交通大学 国家自然科学基金委员会、国家计划生育委员会
17 人工带隙材料的物理机制、制备及应用研究/材料 2001 资 剑 复旦大学 上海市科委
18 基于超导加速器的SASE自由电子激光的关键物理及技术问题的研究/综合与前沿 2002 赵 夔 赵振堂 北京大学、中科院上海应用物理研究所 教育部
19 中国典型河口-近海陆海相互作用及其环境效应/资源环境 2002 翟世奎丁平兴 中国海洋大学、华东师范大学 教育部
20 基于生物信息学的药物新靶标的发现和功能研究/人口与健康 2002 陈国强蒋华良 上海第二医科大学、中科院上海药物所 上海市科委、中国科学院
21 环境化学污染物致机体损伤及其防御的基础研究/人口与健康 2002 魏庆义金 力 中国疾病预防控制中心职业卫生与中毒控制所、复旦大学 卫生部、教育部 
22 炎症的细胞信号转导网络及其调控机制/人口与健康 2002 李 林姜  中科院上海生化所、南方医科大学 中国科学院、广东省科技厅
23 信息功能陶瓷的若干基础问题研究/材料 2002 南策文 施剑林 清华大学、中科院上海硅酸盐所 教育部 中国科学院
24 绿色化学农药先导结构及作用靶标的发现与研究/农业 2003 钱旭红 华东理工大学 上海市科委
25 新结构高性能多孔催化材料创制的基础研究/材料 2003 谢在库 中石化 中科院、中国石油化工集团公司
26 转基因高等动物的创建与高级脑功能分析/综合与前沿 2003 胡应和 华东师范大学 上海市科委
27 多基因复杂性状疾病的系统生物学研究/人口与健康 2004 陈竺 上海第二医科大学 上海市科委
28 大规模高效气流床煤气化技术的基础研究/能源 2004 王辅臣 华东理工大学 教育部
29 基于基因功能的创新药物研究/人口与健康 2004 陈凯先 中科院上海药物所 中科院、上海市科委
30 高丰度稀土元素在环境保护领域中高效、高质利用的基础研究/综合与前沿 2004 卢冠忠 华东理工大学 上海市科委
31 抗体分子结构与功能进化研究/综合与前沿 2004 郭亚军 第二军医大学 上海市科委
32 组织工程学重要基础科学问题研究/综合与前沿 2005 曹谊林 上海第二医科大学 上海市科委
33 聚烯烃的多重结构及其高性能化的基础研究/材料 2005 杨玉良 复旦大学 教育部、中国石油化工集团公司
34 BNI融合的微纳传感器及其系统基础研究/信息 2005 王跃林 中科院上海微系统所 中科院、上海市科委
35 肿瘤和神经系统疾病的表观遗传机制/人口与健康 2005   中科院上海生命科学院 中科院
36 视觉功能修复的基础理论与关键科学问题/综合与前沿 2005 任秋实 上海交通大学 上海市科委、教育部
37 人类重要传染病病原体耐药机制的基础研究/人口与健康 2005 王明贵 复旦大学 教育部
38 无线传感网络的基础理论及关键技术研究/信息 2006 倪明选 上海交通大学 上海市科委、教育部
39 2型糖尿病发生发展机制的研究/人口与健康 2006 张辰宇 吴家睿 南京大学、中科院上海生命科学研究院 教育部、上海市科委
40 中医病因病机的理论继承与创新研究/人口与健康 2006 刘 平 上海中医药大学 国家中医药管理局
41 巨型重载操作装备的基础科学问题/综合与前沿 2006 林忠钦 上海交通大学 上海市科委、教育部
42 超强超短激光与强场超快科学中若干重大挑战性问题/综合与前沿 2006 徐至展 中科院上海光学精密机械研究所 中国科学院
43 脑结构与功能的可塑性研究/综合与前沿 2006 郭爱克 中科院上海生命科学研究院 中国科学院
44 哺乳动物PB转座因子转座机理及分析方法研究/综合与前沿 2006 吴晓晖 复旦大学 上海市科委、教育部
45 作物特殊营养成分的代谢及其调控研究 2007 黄继荣 中科院上海生命科学研究院 中国科学院、上海市科委 
46 电动汽车用低成本、高密度蓄电(氢)体系基础科学问题研究 2007 马紫峰 上海交通大学 教育部、上海市科委
47 超临界水堆关键科学问题的基础研究 2007   上海交通大学 上海市科委
48 太赫兹重要辐射源、探测及应用的基础研究 2007 张怀武 中科院上海微系统与信息技术研究所、电子科技大学 中国科学院、教育部
49 免疫识别、免疫调节与免疫相关性疾病发生和干预的基础研究 2007 曹雪涛 中国人民解放军第二军医大学 中国人民解放军总后勤部卫生部
50 基于中医特色疗法的理论基础研究 2007   上海中医药大学 国家中医药管理局
51 疟疾、血吸虫病防治的基础研究 2007 潘卫庆 第二军医大学  上海市科委
52 人工结构材料的能带设计、制备和效应的基础研究 2007   复旦大学 上海市科委
53 微流控学在化学和生物医学中的应用基础研究 2007 杨芃原 复旦大学 教育部、上海市科委
54 宇宙大尺度结构和星系形成与演化 2007 景益鹏 中科院上海天文台 中国科学院
55 大洋碳循环与气候演变的热带驱动 2007 翦知湣 同济大学 上海市科委、教育部
56 农业生防微生物制剂的合成与作用机理及定向改造 2008 邓子新 上海交通大学 教育部、上海市科委
57 系统级封装的基础研究 2008 毛军发 上海交通大学 上海市科委
58 台风登陆前后异常变化及成灾机理研究 2008 端义宏 中国气象局上海台风研究所 中国气象局
59 脑血管疾病发生和防治的基础研究 2008 苏定冯 中国人民解放军第二军医大学 总后勤部卫生部、上海市科委
60 阿片类物质精神依赖的神经生物学机制 2008 马兰 复旦大学 教育部、上海市科委
61 灸法作用的基本原理与应用规律研究 2008 吴焕淦 上海中医药大学 国家中医药管理局
62 若干中药成方的现代临床与实验研究 2008 董竞成 复旦大学 国家中医药管理局、教育部
63 新结构高性能多孔催化材料的基础研究 2008 谢在库 中国石油化工股份有限公司上海石油化工研究院 中国石油化工集团公司、中国科学院
64 惰性化学键的选择性激活、重组及其控制 2008 麻生明 华东师范大学 教育部、上海市科委
65 染色质解码的基础及医学应用基础研究 2008 于文强 复旦大学 上海市科委、教育部